La maestría en Derechos Humanos cultiva líneas de Generación y Aplicación del Conocimiento que tienen el propósito de analizar la situación de los derechos humanos. Los estudiantes podrán trabajar sobre las siguientes líneas de investigación:
1.- Democracia y derechos humanos
2.- Sistemas de justicia y derechos humanos
3.- Derechos económicos, sociales, culturales y ambientales
4.- Violaciones graves a los derechos humanos
5.- Derecho Internacional de los Derechos Humanos
El cuerpo académico de los docentes de la Universidad Autónoma de Campeche “Derechos Humanos y Problemas Constitucionales” UNACAM-CA-55, que participa en la Maestría Interinstitucional en Derechos Humanos cultiva como LGAC interna registrada ante PRODEP la de “Los Derechos Humanos en el Estado Constitucional y Democrático de Derecho”. En cuanto al Programa de la Maestría Interinstitucional en Derechos Humanos (MIDH), el núcleo de profesores de la UAC se responsabiliza de modo principal aunque no exclusivo por la Línea 1 denominada “Democracia y derechos humanos”.