El Doctorado en Derechos Humanos se caracteriza por ser:
Tutorial, en cuanto se basa en el trabajo autónomo del estudiante, con dirección del tutor y apoyo de dos cotutores. No plantea la realización de cursos diversos, considerando el proceso de formación centrado en el desarrollo del trabajo de investigación. Un aspecto fundamental del programa es el trabajo colectivo, el cual tiene sus momentos significativos en la serie de seminarios en los que cada doctorando presenta a los asesores y a sus compañeros los avances de su investigación, recibiendo comentarios, críticas y observaciones que enriquecerán su trabajo.
Interinstitucional, ya que las cinco instituciones que ofertan el programa inscribirán estudiantes y participarán en los procesos de formación de los mismos, llevando a cabo en sus instalaciones diversas actividades académicas del programa, preferentemente de manera rotativa y siempre de común acuerdo, conforme lo determine el Comité Académico, integrado por un representante de cada institución.
Disponibilidad, requiere dedicación, al programa al menos de 40 horas semanales, con la posibilidad de que los doctorandos continúen desarrollando parcialmente sus actividades profesionales, siempre y cuando cuiden la disposición suficiente de tiempo para el programa.
Movilidad, se requiere que los doctorandos realicen estancias de investigación, cursos o talleres en instituciones nacionales o extranjeras diversas a fin de enriquecer su experiencia y plasmarla en su trabajo terminal.
Flexibilidad, es una característica inherente al programa, dado que es por investigación, la delimitación del objeto de estudio, que necesariamente se tiene que realizar con el propósito de identificar problemas de investigación, hace al programa tan flexible que se adecua a los intereses académicos del alumno, a la orientación epistemológica del abordaje del objeto de estudio, a las estrategias metodológicas correspondientes y al estado del arte específico, con la complejidad que determinen tanto el doctorando como el tutor en primera instancia y el comité tutorial en segunda.